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基質效應是一個不可避免的事實。其物理本質是激發（吸收）和散射引起的特征X射線強度的變化，基體成分中靠近被測元素的元素對激發源X射線和被測元素特征X射線產生光電效應的概率遠高于輕元素（地質樣品中一些常見的主要成巖元素），即，這些相鄰元素對激發源發射的X射線和被測元素的特征X射線的吸收系數遠高于輕元素的吸收系數；輕元素對激發源和被測元素輻射的特征X射線康普頓散射概率遠高于輕元素。

為了敘述方便，假設樣品中存在待測元素A，相鄰元素B、C和輕元素。B元素的原子序數比A元素的原子序數大一些，B元素能被放射源放出的射線所激發產生B元素的特征X射線 BK,BKX射線又能激發A元素；C元素的原子序數小于待測元素A的原子序數，且能被A元素特征X射線所激發產生C元素特征X射線；輕元素的原子序數測距 A、B、C元素的原子序數較遠，被激發的幾率很小，可以忽略不計，那么對待測元素A特征X射線強度的影響有以下幾個方面：

1) 放射源放出的射線激發待測元素A，產生特征X射線AK線稱為光電效應。光譜儀價格。

2) AKX線在出射樣品時遇到C元素激發了C元素特征X射線CK而A元素特征X射線強度減小了，稱為吸收效應。

3) 放射源激發了B元素，BKX線又激發了A元素，使A元素特征X射線計數增加，稱為增強效應，又稱為二次熒光。

4) 放射源激發了元素C和元素B，使得激發元素A幾率減小。

5) 放射源放出的射線與輕元素相互作用發生康普頓效應，可能發生一次康普頓效應也可能發生多次康普頓效應，發生康普頓效率之后射線能量損失一部分在出射樣品路程中可能會激發元素A、B、C，也可能不發生作用，稱為康普頓效應。

以上只是描繪了一個簡單的圖象，實際上X射線的吸收、增強、散射過程要復雜得多。若待測元素與標準的基體成份不一致，必然會使分析結果出現較大誤差。這就是吸收效應、增強效應、散射效應影響，統稱為基體效應。